mdp文件注解小结
来源：踏雪无痕
简要摘录，详细的去看文件
; 预处理
title= # 最长64字符
cpp # 预处理器（默认cpp）
include # 拓扑文件引用其他文件的路径
define= # -DFLEXIBLE（用柔性水模型，共轭梯度必要；或-DPOSRES（用于位置限制md）
; 模拟控制
integrator #
md：leap-frog做md
sd：stochastic dynamics做md
bd：Euler方法啥的做md
steep：最速下降能量优化 同时设置能量优化最大位移参数 emstep 由emtol决定最大容忍度
cg：共轭梯度能量优化，与最速联用，对能量优化常态分析时用双精度
l-bfgs：不并行，类似cg，收敛快
nm：对tpr文件常态分析，必须为双精度GROMACS
tpi：插入测试粒子
; 开始时间与步长 单位ps
tinit=0 # 模拟开始时间，默认0，min不用，只用于md sd bd
dt=0.002 # 步长2fs，默认1fs，同上
nsteps=50000# 默认0
; run continuation or redoing part of a run
init_step # 第i步时间可以算
; center of mass remove
comm_mode = Linear # 质心移动 Linear 平动，Angular转动平动，No不操作
; numer of steps for mass center removal
nstcomm = 10 # 操作频率，默认0，单位step
Langevin动力学
; friction coefficient and random seed
bd_fric = 0
ld_seed = 1993