gromacs技巧-测试md速度

使用脚本测试

具体说明:GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

两块显卡相对于一块显卡的提升非常有限。如果装了两块显卡,想有效的利用这两块显卡,最好的办法是每块显卡跑一个独立gmx任务。问题是,这两个独立的gmx会相互干扰么?经过测试,结论是:cpu核数足够的情况下两块显卡单独运行两个Gromacs任务完全没有影响JCC,2019的那篇文章中也可以看到,N显卡相对于单显卡的速度几乎就是N倍。

单Rank下,随着openmp threads数量增多,显卡计算NB+BF的速度最终超过了NB+PME,这是因为1080性能略差,这样CPU并行数量上去之后,CPU计算PME的速度最终能够超过GPU计算PME的速度。而多节点运行事实上不划算

==进程=火车,线程=车厢

  • 线程在进程下行进(单纯的车厢无法运行)
  • 一个进程可以包含多个线程(一辆火车可以有多个车厢)
  • 不同进程间数据很难共享(一辆火车上的乘客很难换到另外一辆火车,比如站点换乘)
  • 同一进程下不同线程间数据很易共享(A车厢换到B车厢很容易)
  • 进程要比线程消耗更多的计算机资源(采用多列火车相比多个车厢更耗资源)
  • 进程间不会相互影响,一个线程挂掉将导致整个进程挂掉(一列火车不会影响到另外一列火车,但是如果一列火车上中间的一节车厢着火了,将影响到所有车厢)
  • 进程可以拓展到多机,进程最多适合多核(不同火车可以开在多个轨道上,同一火车的车厢不能在行进的不同的轨道上)
  • 进程使用的内存地址可以上锁,即一个线程使用某些共享内存时,其他线程必须等它结束,才能使用这一块内存。(比如火车上的洗手间)-”互斥锁”
  • 进程使用的内存地址可以限定使用量(比如火车上的餐厅,最多只允许多少人进入,如果满了需要在门口等,等有人出来了才能进去)-“信号量

bash脚本

Bash教学

Fengyang Han

Gitbash:提供了win下bash的方法

命令

可以使用通配符,类似正则表达。并且可以使用|管道符号,将命令组合起来

整体命令

ls

ls -a显示全部文件 ls -l列表显示文件 ls -la列表显示全部文件

ls a*显示所有 a*相关文件

man

manual 操作手册命令 man ls

help

帮助命令 --help

路径命令

rmdir:移除路径 rm -r 递归删除==不要轻易使用rm -rf==

文件

cat: 文件内容查看 touch:创建文件

  • head 和 tail -n [num]

grep: 检索命令

grep awk sed