Gaussian 入门

Gaussian入门流程

  1. 装软件可以用su -命令获取管理员身份
    path里/home表示根目录，最开始要有/
    绝对路径 ~/.bashrc打开
    .bashrc修改完后 source ~/.bashrc 而不必重新进终端，或者断开连接 但记得要重启一下

    没装Gaussian 只装了view submit是灰的，可以点击edit导出保存
    有机分子建构

  2. 水分子频率流程
    • 用win里的view建立gjf输入文件
      • view里画好在紫框左键点一下
      • 右键calculate 然后setup
        • Jobtype：opt 能量优化 可以再加一个freq
        • 方法基态 hartree-fock
        • 基组3-21G
      • 弹出窗口改linux路径
    • 导入linux 
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      g09 file.gjf
      • 之前不改路径就报错
        ntrex1: Bad file descriptor
        不是大小写问题，打开文件看看，可能是路径问题，保留了win路径
        也有可能因为是win生成的文本文件，需要把unix格式转为dos格式，使用dos2unix命令
        dos2unix file1 file2
    • 生成二进制chk和log文件
      用命令生成fchk文本文件，chk是二进制文件
        formchk xxx.chk
    • 可以把log导入view然后在result选项选frequency