gmx入门-1.类比amber

• GROMACS流程（使用GMX-5.0）

gmx help (module) 或 gmx (module) -h

学了AMBER之后来理解GROMACS更舒服了，而且中文讲解更清晰，AMBER在核酸领域比GROMACS更强，蛋白质差不多，材料领域用LAMMPS
本来想学gaussian的，但是gaussian还没弄到win版，先学gromacs吧

pdb文件——gmx=tleap 产生gro和top两个文件——gro处理后用于溶剂化+坐标文件mdp写复合文件tpr

• 预平衡（以毒素肽为例）
  不是必需的，看初始结构是否平衡。包括：

  1. 能量最小化：使得MD时快速达到平衡，也可以补充需要的离子然后min
  2. 蛋白质位置限制性模拟：限制重原子维持蛋白质结构，放开蛋白质分子的位置限制进行模拟

  3. NVT预平衡：先做NVT减小盒子内压力，防NPT时体系崩溃，再做NPT
     综上：min-NVT-NPT

     处理pdb

  • 上网下载：wget http://www.rcsb.org/pdb/files/1OMB.pdb

  • 需要处理的方面包括但不限于:
    · 氢原子
    · C端氧原子
    · 结晶水
    · 缺失原子/残基/侧链
    · 二硫键
    · 带电残基

  • 对于1OMB：去氢加上末尾C端结束的氧原子及其类型OXT使用win上 deepview转换，并去掉SPDBV开头行，直接到END就好
    Build->Add C-terminal Oxygen (OXT)
    File->Save->Current Layer

  • 注意，优秀的ftp系统能够处理Win-Linux的文本转换，但最好
    to_unix filename filename

    RedHat系统还可以用：dos2unix

    fws.pdb文件中已经不含氢原子, 删除了SEQRES, SHEET, SSBOND, CONECT信息, 并且添加了OXT原子.

    gmx获取拓扑—-pdb2gmx module

    gmx-5.x
    gmx pdb2gmx -f fws.pdb -o fws.gro -p fws.top -i fws.itp -ff amber99sb-ildn -water tip3p -ignh
    忽略氢，力场amber99sb-ILDN file：pdb，输出gromacs文件，输出top文件，水盒子
    产生结构文件gro，拓扑文件top，位置限制文件itp
    可以不用ff，会问你用哪个力场

    -ignh: 忽略氢原子,因本pdb文件来自NMR，含氢。统一使用GROMOS力场的氢原子命名规则, 以免名称不一致.
    -ff: 指定使用的力场. 用Amber99SB-ILDN力场. 也可以使用其他力场, 根据体系选择.
    -f: 指定预处理的蛋白质结构文件
    -o: 指定新生成的GROMACS文件名(也可以是其它的文件类型, 如pdb)
    -p: 指定新生成的拓扑文件名, 包含所有原子及原子间的相互作用参数
    -water: 指定水模型. 使用TIP3P水模型. 也可以使用如SPC/E.

    gmx pdb2gmx [-f [<.gro/.g96/…>]] [-o [<.gro/.g96/…>]] [-p [<.top>]]

      [-i [<.itp>]] [-n [<.ndx>]] [-q [<.gro/.g96/...>]]
      [-chainsep <enum>] [-merge <enum>] [-ff <string>] [-water <enum>]
      [-[no]inter] [-[no]ss] [-[no]ter] [-[no]lys] [-[no]arg]
      [-[no]asp] [-[no]glu] [-[no]gln] [-[no]his] [-angle <real>]
      [-dist <real>] [-[no]una] [-[no]ignh] [-[no]missing] [-[no]v]
      [-posrefc <real>] [-vsite <enum>] [-[no]heavyh] [-[no]deuterate]
      [-[no]chargegrp] [-[no]cmap] [-[no]renum] [-[no]rtpres]
    
      -o      [<.gro/.g96/...>]  (conf.gro)  Structure file: gro g96 pdb brk ent esp
      -p      [<.top>]           (topol.top)       Topology file
      -i      [<.itp>]           (posre.itp)         Include file for topology
    

    建模拟溶剂盒子—-editconf module(或许可以删除)

    gmx-5.x
    gmx editconf -f fws.gro -o fws-PB.gro -bt dodecahedron -d 1.2
    -f: 输入蛋白结构
    -o: 输出带模拟周期性溶剂盒子信息的结构文件 perodic box PB
    -bt: 默认使用长方盒子, 可以使用-bt选项改变盒子类型, 如八面体, 十二面体等，菱形十二面体盒子接近球形, 计算效率最高
    -d: 蛋白与模拟盒子在X, Y, Z方向上的最小距离，不能小于0.9 nm
    生成一个 xxx-PBC.gro文件,得到了置于周期性菱形盒子中的蛋白质分子

    gmx editconf [-f [<.gro/.g96/…>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]

       [-o [<.gro/.g96/...>]] [-mead [<.pqr>]] [-[no]w] [-[no]ndef]
       [-bt <enum>] [-box <vector>] [-angles <vector>] [-d <real>]
       [-[no]c] [-center <vector>] [-aligncenter <vector>]
       [-align <vector>] [-translate <vector>] [-rotate <vector>]
       [-[no]princ] [-scale <vector>] [-density <real>] [-[no]pbc]
       [-resnr <int>] [-[no]grasp] [-rvdw <real>] [-[no]sig56]
       [-[no]vdwread] [-[no]atom] [-[no]legend] [-label <string>]
       [-[no]conect]
    

    -bt (triclinic)

     Box type for -box and -d: triclinic, cubic, dodecahedron,
     octahedron
    

    -box (0 0 0)

      Box vector lengths (a,b,c)
    

    -angles (90 90 90)

     Angles between the box vectors (bc,ac,ab)
    

    -d (0)

     Distance between the solute and the box
    
      可用于转换GROMACS文件(*.gro)和pdb文件(*.pdb) 
          '''
              editconf -f file.gro -o file.pdb 
          '''
    

    （添加离子？）gmx genion -s

    真空能量最小化 (vac min)准备—-grompp module

    gmx grompp -f fws-VM.mdp -c fws-PB.gro -p fws.top -o fws-VM.tpr -maxwarn 1

  • 参数文件mdp，GROMACS预处理器grompp(即gromacs pre-processor的缩写)进行处理。注：shift/cutoff的单位为nm, UA=united atom, AA=all-atom, DispCorr只能和周期性边界条件一起使用.
    vac-min-fws.mdp
    ; 传递给预处理器的一些定义
    define = -DFLEXIBLE ; 使用柔性水模型而非刚性模型, 这样最陡下降法可进一步最小化能量

    ; 模拟类型, 结束控制, 输出控制参数
    integrator = steep ; 指定使用最陡下降法进行能量最小化. 若设为cg则使用共轭梯度法
    emtol = 500.0 ; 若力的最大值小于此值则认为能量最小化收敛(单位kJ mol^-1^ nm^-1^)
    emstep = 0.01 ; 初始步长(nm)
    nsteps = 1000 ; 在能量最小化中, 指定最大迭代次数
    nstenergy = 10 ; 能量写出频率
    energygrps = System ; 要写出的能量组

    ; 近邻列表, 相互作用计算参数
    nstlist = 1 ; 更新近邻列表的频率. 1表示每步都更新
    ns_type = grid ; 近邻列表确定方法(simple或grid)
    coulombtype = PME ; 计算长程静电的方法. PME为粒子网格Ewald方法, 还可以使用cut-off
    rlist = 1.0 ; 短程力近邻列表的截断值
    rcoulomb = 1.0 ; 长程库仑力的截断值
    vdwtype = cut-off ; 计算范德华作用的方法
    rvdw = 1.0 ; 范德华距离截断值
    constraints = none ; 设置模型中使用的约束
    pbc = xyz ; 3维周期性边界条件

  • 这里有一个初学者的bug，似乎与top文件电荷未处理有关，论坛指出加一个-maxwarn 1就好了，产生mdout.mdp和运行输入文件fws-VM.tpr（动力学输入文件，包括压缩的初始结构，拓扑，模拟力场信息）

    gmx grompp [-f [<.mdp>]] [-c [<.gro/.g96/…>]] [-r [<.gro/.g96/…>]]

     [-rb [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
     [-t [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]] [-ref [<.trr/.cpt/...>]]
     [-po [<.mdp>]] [-pp [<.top>]] [-o [<.tpr>]] [-imd [<.gro>]]
     [-[no]v] [-time <real>] [-[no]rmvsbds] [-maxwarn <int>]
     [-[no]zero] [-[no]renum]
    

    Options to specify input files:
    -f [<.mdp>] (grompp.mdp)

          grompp input file with MD parameters
    

    -c [<.gro/.g96/…>] (conf.gro)

          Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr
    

    -r [<.gro/.g96/…>] (restraint.gro) (Opt.)

          Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr
    

    -rb [<.gro/.g96/…>] (restraint.gro) (Opt.)

          Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr
    

    -n [<.ndx>] (index.ndx) (Opt.)

          Index file
    

    -p [<.top>] (topol.top)

          Topology file
    

    -t [<.trr/.cpt/…>] (traj.trr) (Opt.)

          Full precision trajectory: trr cpt tng
    

    -e [<.edr>] (ener.edr) (Opt.)

          Energy file
    

    Options to specify input/output files:
    -ref [<.trr/.cpt/…>] (rotref.trr) (Opt.)

          Full precision trajectory: trr cpt tng
    

    Options to specify output files:
    -po [<.mdp>] (mdout.mdp)

          grompp input file with MD parameters
    

    -pp [<.top>] (processed.top) (Opt.)

          Topology file
    

    -o [<.tpr>] (topol.tpr)

          Portable xdr run input file
    

    -imd [<.gro>] (imdgroup.gro) (Opt.)

          Coordinate file in Gromos-87 format
    

    Other options:
    -[no]v (no)

          Be loud and noisy
    

    -time (-1)

          Take frame at or first after this time.
    

    -[no]rmvsbds (yes)

          Remove constant bonded interactions with virtual sites
    

    -maxwarn (0)

          Number of allowed warnings during input processing. Not for normal
          use and may generate unstable systems
    

    -[no]zero (no)

          Set parameters for bonded interactions without defaults to zero
          instead of generating an error
    

    -[no]renum (yes)

          Renumber atomtypes and minimize number of atomtypes
    

    跑个动力学能量最小化—-mdrun(值得研究参数)

    gmx mdrun -v -deffnm fws-VM

  • 用tpr文件做md能量最小化
  • -deffnm指定默认的文件名称, -v显示模拟过程中的信息
  • 注：我们得到了日志文件fws-VM.log, 全精度轨迹文件fws-VM.trr, 能量文件fws-VM.edr, 能量最小化后的结构文件fws-VM.gro.
  • 说明: 如果最小化不收敛, 可以将nsteps的数值增大再重新提交一次. 要重新提交作业的话, 你需要重新运行grompp.

  • 对能量最小化的讨论 http://mdbbs.org/thread-22150-1-1.html

      gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-table [<.xvg>]] [-tablep [<.xvg>]]
      [-tableb [<.xvg> [...]]] [-rerun [<.xtc/.trr/...>]] [-ei [<.edi>]]
      [-multidir [<dir> [...]]] [-awh [<.xvg>]] [-membed [<.dat>]]
      [-mp [<.top>]] [-mn [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]]
      [-x [<.xtc/.tng>]] [-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]]
      [-e [<.edr>]] [-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-field [<.xvg>]]
      [-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]] [-devout [<.xvg>]]
      [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]] [-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]]
      [-ra [<.log>]] [-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
      [-if [<.xvg>]] [-swap [<.xvg>]] [-deffnm <string>] [-xvg <enum>]
      [-dd <vector>] [-ddorder <enum>] [-npme <int>] [-nt <int>]
      [-ntmpi <int>] [-ntomp <int>] [-ntomp_pme <int>] [-pin <enum>]
      [-pinoffset <int>] [-pinstride <int>] [-gpu_id <string>]
      [-gputasks <string>] [-[no]ddcheck] [-rdd <real>] [-rcon <real>]
      [-dlb <enum>] [-dds <real>] [-gcom <int>] [-nb <enum>]
      [-nstlist <int>] [-[no]tunepme] [-pme <enum>] [-pmefft <enum>]
      [-bonded <enum>] [-[no]v] [-pforce <real>] [-[no]reprod]
      [-cpt <real>] [-[no]cpnum] [-[no]append] [-nsteps <int>]
      [-maxh <real>] [-replex <int>] [-nex <int>] [-reseed <int>]
    

    -deffnm 统一所有文件名称
    -x 可以将所有文件压缩进xtc或者是tng文件
    -mtx 导出hessian matrix

      -s      [<.tpr>]           (topol.tpr)
      Portable xdr run input file
      -cpi    [<.cpt>]           (state.cpt)      (Opt.)
              Checkpoint file
      -table  [<.xvg>]           (table.xvg)      (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -tablep [<.xvg>]           (tablep.xvg)     (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -tableb [<.xvg> [...]]     (table.xvg)      (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -rerun  [<.xtc/.trr/...>]  (rerun.xtc)      (Opt.)
              Trajectory: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
      -ei     [<.edi>]           (sam.edi)        (Opt.)
              ED sampling input
      -multidir [<dir> [...]]    (rundir)         (Opt.)
              Run directory
      -awh    [<.xvg>]           (awhinit.xvg)    (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -membed [<.dat>]           (membed.dat)     (Opt.)
              Generic data file
      -mp     [<.top>]           (membed.top)     (Opt.)
              Topology file
      -mn     [<.ndx>]           (membed.ndx)     (Opt.)
              Index file
    
      Options to specify output files:
      -o      [<.trr/.cpt/...>]  (traj.trr)
              Full precision trajectory: trr cpt tng
      -x      [<.xtc/.tng>]      (traj_comp.xtc)  (Opt.)
              Compressed trajectory (tng format or portable xdr format)
      -cpo    [<.cpt>]           (state.cpt)      (Opt.)
              Checkpoint file
      -c      [<.gro/.g96/...>]  (confout.gro)
              Structure file: gro g96 pdb brk ent esp
      -e      [<.edr>]           (ener.edr)
              Energy file
      -g      [<.log>]           (md.log)
              Log file
      -dhdl   [<.xvg>]           (dhdl.xvg)       (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -field  [<.xvg>]           (field.xvg)      (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -tpi    [<.xvg>]           (tpi.xvg)        (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -tpid   [<.xvg>]           (tpidist.xvg)    (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -eo     [<.xvg>]           (edsam.xvg)      (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -devout [<.xvg>]           (deviatie.xvg)   (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -runav  [<.xvg>]           (runaver.xvg)    (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -px     [<.xvg>]           (pullx.xvg)      (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -pf     [<.xvg>]           (pullf.xvg)      (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -ro     [<.xvg>]           (rotation.xvg)   (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -ra     [<.log>]           (rotangles.log)  (Opt.)
              Log file
      -rs     [<.log>]           (rotslabs.log)   (Opt.)
              Log file
      -rt     [<.log>]           (rottorque.log)  (Opt.)
              Log file
      -mtx    [<.mtx>]           (nm.mtx)         (Opt.)
              Hessian matrix
      -if     [<.xvg>]           (imdforces.xvg)  (Opt.)
              xvgr/xmgr file
      -swap   [<.xvg>]           (swapions.xvg)   (Opt.)
              xvgr/xmgr file
    
      Other options:
    
      -deffnm <string>
              Set the default filename for all file options
      -xvg    <enum>             (xmgrace)
              xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, none
      -dd     <vector>           (0 0 0)
              Domain decomposition grid, 0 is optimize
      -ddorder <enum>            (interleave)
              DD rank order: interleave, pp_pme, cartesian
      -npme   <int>              (-1)
              Number of separate ranks to be used for PME, -1 is guess
      -nt     <int>              (0)
              Total number of threads to start (0 is guess)
      -ntmpi  <int>              (0)
              Number of thread-MPI ranks to start (0 is guess)
      -ntomp  <int>              (0)
              Number of OpenMP threads per MPI rank to start (0 is guess)
      -ntomp_pme <int>           (0)
              Number of OpenMP threads per MPI rank to start (0 is -ntomp)
      -pin    <enum>             (auto)
              Whether mdrun should try to set thread affinities: auto, on, off
      -pinoffset <int>           (0)
              The lowest logical core number to which mdrun should pin the first
              thread
      -pinstride <int>           (0)
              Pinning distance in logical cores for threads, use 0 to minimize
              the number of threads per physical core
      -gpu_id <string>
              List of unique GPU device IDs available to use
      -gputasks <string>
              List of GPU device IDs, mapping each PP task on each node to a
              device
      -[no]ddcheck               (yes)
              Check for all bonded interactions with DD
      -rdd    <real>             (0)
              The maximum distance for bonded interactions with DD (nm), 0 is
              determine from initial coordinates
      -rcon   <real>             (0)
              Maximum distance for P-LINCS (nm), 0 is estimate
      -dlb    <enum>             (auto)
              Dynamic load balancing (with DD): auto, no, yes
      -dds    <real>             (0.8)
              Fraction in (0,1) by whose reciprocal the initial DD cell size will
              be increased in order to provide a margin in which dynamic load
              balancing can act while preserving the minimum cell size.
      -gcom   <int>              (-1)
              Global communication frequency
      -nb     <enum>             (auto)
              Calculate non-bonded interactions on: auto, cpu, gpu
      -nstlist <int>             (0)
              Set nstlist when using a Verlet buffer tolerance (0 is guess)
      -[no]tunepme               (yes)
              Optimize PME load between PP/PME ranks or GPU/CPU (only with the
              Verlet cut-off scheme)
      -pme    <enum>             (auto)
              Perform PME calculations on: auto, cpu, gpu
      -pmefft <enum>             (auto)
              Perform PME FFT calculations on: auto, cpu, gpu
      -bonded <enum>             (auto)
              Perform bonded calculations on: auto, cpu, gpu
      -[no]v                     (no)
              Be loud and noisy
      -pforce <real>             (-1)
              Print all forces larger than this (kJ/mol nm)
      -[no]reprod                (no)
              Try to avoid optimizations that affect binary reproducibility
      -cpt    <real>             (15)
              Checkpoint interval (minutes)
      -[no]cpnum                 (no)
              Keep and number checkpoint files
      -[no]append                (yes)
              Append to previous output files when continuing from checkpoint
              instead of adding the simulation part number to all file names
      -nsteps <int>              (-2)
              Run this number of steps (-1 means infinite, -2 means use mdp
              option, smaller is invalid)
      -maxh   <real>             (-1)
              Terminate after 0.99 times this time (hours)
      -replex <int>              (0)
              Attempt replica exchange periodically with this period (steps)
      -nex    <int>              (0)
              Number of random exchanges to carry out each exchange interval (N^3
              is one suggestion).  -nex zero or not specified gives neighbor
              replica exchange.
      -reseed <int>              (-1)
              Seed for replica exchange, -1 is generate a seed
    

    溶剂化再最小化

    gmx-5.x
    gmx solvate -cp fws-VM.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-ion.gro

  • -cp指定需要填充水分子的体系, 带模拟蛋白盒子, -cs指定使用SPC水模型进行填充, spc216是GROMACS统一的三位点水分子结构, -p修改体系的拓扑文件, 加入相应水分子的物理参数 -o指定填充水分子后的输出文件.

    最小化参数文件

      fws-VM-sol.mdp
          define          = -DFLEXIBLE
    
          integrator      = steep
          emtol           = 250.0
          nsteps          = 5000
          nstenergy       = 10
          energygrps      = System
    
          nstlist         = 1
          ns_type         = grid
          coulombtype     = PME
          rlist           = 1.0
          rcoulomb        = 1.0
          rvdw            = 1.0
          constraints     = none
          pbc             = xyz
    

    准备命令同理
    gmx grompp -f fws-VM-sol.mdp -c fws-ion.gro -p fws.top -o ion.tpr -maxwarn 1

    基于tpr文件加离子—-genion

    gmx genion -s ion.tpr -o fws-b4em.gro -neutral -conc 0.15 -p fws.top

  • -neutral选项保证体系总的净电荷为零, 体系呈电中性, -conc选项设定需要的离子浓度(这里为0.15 M). -g选项指定输出日志文件的名称. -norandom选项会依据静电势来放置离子而不是随机放置(默认), 但我们在这里使用随机放置方法.
  • 运行这个命令时, 会提示选择一个连续的溶剂分子组, 选择13 (SOL), 回车, 程序会告知你有两个溶剂分子被氯离子代替. fws.top中会包含NA和CL离子. 注意, 这里出现的分子顺序必须与坐标文件中的一致.

  • 说明: genion默认使用的盐为NaCl. 如果你需要使用不同的阳离子和阴离子, 可使用-pname(阳离子)和-nname(阴离子)分别指定阴阳离子的名称(根据相应力场的ions.itp文件中离子的设定), 还可以使用-pn和-nn分别指定添加的阴离子数目.

    gmx grompp -f fws-VM-sol.mdp -c fws-b4em.gro -p fws.top -o fws-VM-sol.tpr

    gmx mdrun -v -deffnm fws-VM-sol

    位置限制

    NVT
    gmx grompp -f nvt-pr-md.mdp -c fws-VM-sol.gro -p addoxt.top -o nvt-pr.tpr -r em-sol.gro -nt 8
    报错：
    Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you specify for the -c option.

    • 版本迭代问题，在最新的教程下看到确实是加入了-r em-sol.gro
      报错：
      Fatal error:

      There is no domain decomposition for 32 ranks that is compatible with the
      given box and a minimum cell size of 0.95325 nm
      Change the number of ranks or mdrun option -rcon or -dds or your LINCS
      settings
      

      • 与core的thread问题有关 命令后加个 -nt 1
        https://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-10/#5-%E9%94%99%E8%AF%AF%E4%BF%A1%E6%81%AF 对问题的探讨
        或者不想那么多，改一个 -nt 2试试，-nt 1 真的太慢了感觉。
        改成 -nt 8 线程明显快多了，不知道最高可以多少线程
        On 1 MPI rank, each using 8 OpenMP threads

        • 并行运算
          需要把盒子划分成小单元并行计算，使用PME方法计算计算静电相互作用时, 还可以指定一些节点单独用于PME计算, 这些节点被称为PME节点. GROMACS通常会自动进行这些设置, 但当模拟体系具有很高或很低的空间不均匀性时(例如, 模拟真空中的板块), 可能需要自己对这些设置进行调整以达到更好的性能.

      位置限制性预平衡模拟，使溶剂和离子弛豫运动，然后等压升温。走一个NVT和一个NPT
      说明: 当模拟运行时间较长时, 你可以使用后台运行方法, 如
      gmx-4.x: nohup mdrun -deffnm npt-pr &
      gmx-5.x: nohup gmx mdrun -deffnm npt-pr &
      为检查模拟运行进度, 可使用tail命令查看日志文件, 如
      tail -n 25 npt-pr.log
      或者
      tail -f npt-pr.log持续输出

这个教程挺好的

http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.htmlhttp://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html

Screen

screen -S 文件名
比nohup好用 screen ctrl+a +d退出 ctrl+r继续 screen -ls有哪些窗口 screen -r 数字恢复

用top查看正在进行的进程

screen命令详解，https://www.cnblogs.com/mchina/archive/2013/01/30/2880680.html

调mdp文件integrator为nm，而不是steep或者md

Hessian十进制化

近来用GROMACS做简正模式分析（NMA）,做完之后，想做后续工作需要用到Hessian矩阵和特征值和特征向量。但是GMX输出的特征值是十进制格式，输出的Hessian(.mtx)和特征向量(.trr)都是二进制文件，无法直接读出。
结果花了好多天的力气，曾试图改GMX底层代码，看了好多天他的c文件，结果头大。无奈又翻了几遍手册，发现居然有专门读取GMX二进制文件的命令~ 具体操作如下
gromacs 4.5版本 gmxdump -f xxx.trr -om xxx.mdp >>xxx.txt
gromacs 5+版本 gmx dump -f xxx.trr -om xxx.mdp >>xxx.txt
这里如果不加上>>后边的这段，仅仅是写上xxx.mdp，是不会输出任何文件。我也不清楚为啥，只有将它转化为txt才有输出

双精度文本不支持gpu加速

Gromacs有Python包gromacs wrapper，Fl studio也有python包

数字特征分析：比如主要分布在哪里，（或者可以切片然后整体分析，值得考虑）
    某个区和某个区配对排序，或者不同正则运动方式配对排序
    排序后列矩阵，互为音高音强
    每个音乐的特点
    数字特征
音乐

所以能不能用python脚本处理输入的蛋白/分子结构然后输出个中国风音乐或者是电音？
音阶了解一下

进一步的问题是如何写这个音乐了，如何模块化实现呢？

不过可以先不在python框架下，而是先把流程实现了。
顺便可以整点web的东西？

（弯曲振动为音高，伸缩振动为音强）
eigenfreq.xvg
eigenval.xvg
eigenvec.trr