AMBER-入门教程(四)

氢质量重排HMR

可以进行更长时间的加速分子动力学模拟,降低大分子最高运动频率,避免了氢原子由于高频振动散架如步长可以调到4fs而不是2fs
文献原理:https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ct5010406

脂质力场

(待看)

蛋白晶体模拟

室温离子液体模拟

材料系统模拟

用3D-RISM替代显式溶剂

用CHARMM-GUI建立系统

Antechamber 小分子对接前准备

https://xbwang.wordpress.com/2019/04/17/amber%E5%B0%8F%E5%88%86%E5%AD%90%E5%A4%84%E7%90%86/
注意mol2里 有连接性问题,可能把ar 变成了2,双键。正常都是可以做的。