Amber--入门教程（三）

使用tleap建立显式水蛋白体系

1. 设立AMBERHOME（系统已经有了）
   bash下路径设立
   export AMBERHOME = /usr/local/想设计的路径

2. 显式溶剂体系准备
   打开tleap模式后
   source.leaprc.water.
   一般常用TIP3P，适用于含有水的基团，也有甲醇，氯仿等模型。
   力场文件是与溶剂文件相对应的 这里使用ff14SB（推荐）对应OPC水溶剂（tip3p更常见），并对应加载OPC中的水化自由能HFE的计算。对于初学者建议不要尝试。这与似乎也与配套的GB/SA模型有关，且不是很成熟。 这里涉及第4-7章
   source leaprc.protein.ff19SB
   source leaprc.water.opc
   loadamberparams frcmod.ions1lm_126_hfe_opc

3. 处理pdb格式
   利用上一个教程里的pdb文件
   name = loadpdb name.pdb
   根据SSBOND改cys cyx，在tleap中连接二硫键

• 此前可以在moe里看看，实际上二硫键已经连接了，无需再bond，不知为何教程里还bond；如果再bond一次生成参数文件时会报错
  bond ramp.27.SG ramp.82.SG
  bond ramp.40.SG ramp.72.SG
  bond ramp.57.SG ramp.104.SG
  保存
  saveamberparm
  tleap值得注意的指令见附1

1. 电中性与溶剂化
   addions name Na+ 2
   solvateoct name OPCBOX 10.0
   10.0有三层溶剂分子，并一般加入150mM NaCl，对应9.03e22 Cl- atom/L
   此时获取体积，如2.08e5 A3 = 2.08e-22L，把结果乘以1e-27。 上下相乘得需要加多少个离子
   实际结果9.0310e-5
   addionsrand name Na+ 2 Cl- 2
   注意：加入后体系体积会减小，浓度实际大于150mM
   值得思考，这里为什么是盐溶剂体系，水溶剂体系可以吗？

2. 保存检查离子溶剂化后结果
   saveamberparm name name.top name.crd

注：以上流程可以写入一个脚本in文件 （AMBERHOME用$AMBERHOME即可使用，力场文件直接调用，省的敲一堆字）
使用source tleap.in调用
touch process.in #新建文件 使用rm命令删除 可以用空格建立两个文件 使用dd删除一行，：1,2d删除两行，ZZ保存退出
文件为

#tleap.in           #title
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.water.opc
loadamberparams frcmod.ions1lm_126_hfe_opc
ramp=loadpdb RAMP1.pdb
bond ramp.27.SG ramp.82.SG
bond ramp.40.SG ramp.72.SG
bond ramp.57.SG ramp.104.SG
SaveAmberParm ramp RAMP1_gas.prmtop RAMP1_gas.inpcrd
addIons ramp Na+ 2
solvateOct ramp OPCBOX 10.0
addIonsRand ramp Na+ 19 Cl- 19 
SaveAmberParm ramp RAMP1_ion.prmtop RAMP1_ion.inpcrd

注：可以用cpptraj把输出文件写成pdb
创立一个输入转换文件pdb.in
trajin RAMP1_ion.inpcrd
trajout RAMP1_wions_water.pdb PDB
excute命令
$AMBERHOME/bin/cpptraj -p RAMP1_ion.prmtop -i pdb.in>pdb.out #没有AMBERHOME直接从cpptraj开始就可以

1. 放松溶剂

    体系平衡弛豫，使用NVT系综（
        控制压强，计算晶格常数使用NPT等温等压，或拉伸压缩模拟
        NVE微正则，用于冲击辐照
        NPH等压等焓系综
    周期性边界（补充跑出去的原子)
   

2. 升温平衡

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附1

tleap检查信息使用
desc xxx