gromacs技巧-测试md速度

使用脚本测试

具体说明：GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

两块显卡相对于一块显卡的提升非常有限。如果装了两块显卡，想有效的利用这两块显卡，最好的办法是每块显卡跑一个独立gmx任务。问题是，这两个独立的gmx会相互干扰么？经过测试，结论是：cpu核数足够的情况下两块显卡单独运行两个Gromacs任务完全没有影响。JCC,2019的那篇文章中也可以看到，N显卡相对于单显卡的速度几乎就是N倍。

单Rank下，随着openmp threads数量增多，显卡计算NB+BF的速度最终超过了NB+PME，这是因为1080性能略差，这样CPU并行数量上去之后，CPU计算PME的速度最终能够超过GPU计算PME的速度。而多节点运行事实上不划算

==进程=火车，线程=车厢

  • 线程在进程下行进（单纯的车厢无法运行）
  • 一个进程可以包含多个线程（一辆火车可以有多个车厢）
  • 不同进程间数据很难共享（一辆火车上的乘客很难换到另外一辆火车，比如站点换乘）
  • 同一进程下不同线程间数据很易共享（A车厢换到B车厢很容易）
  • 进程要比线程消耗更多的计算机资源（采用多列火车相比多个车厢更耗资源）
  • 进程间不会相互影响，一个线程挂掉将导致整个进程挂掉（一列火车不会影响到另外一列火车，但是如果一列火车上中间的一节车厢着火了，将影响到所有车厢）
  • 进程可以拓展到多机，进程最多适合多核（不同火车可以开在多个轨道上，同一火车的车厢不能在行进的不同的轨道上）
  • 进程使用的内存地址可以上锁，即一个线程使用某些共享内存时，其他线程必须等它结束，才能使用这一块内存。（比如火车上的洗手间）－”互斥锁”
  • 进程使用的内存地址可以限定使用量（比如火车上的餐厅，最多只允许多少人进入，如果满了需要在门口等，等有人出来了才能进去）－“信号量

bash脚本

Bash教学

Fengyang Han

Gitbash:提供了win下bash的方法

命令

可以使用通配符，类似正则表达。并且可以使用|管道符号，将命令组合起来

整体命令

ls

ls -a显示全部文件 ls -l列表显示文件 ls -la列表显示全部文件

ls a*显示所有 a*相关文件

man

manual 操作手册命令 man ls

help

帮助命令 --help

路径命令

rmdir：移除路径 rm -r 递归删除==不要轻易使用rm -rf==

文件

cat: 文件内容查看 touch：创建文件

  • head 和 tail -n [num]

grep: 检索命令

grep awk sed